1999年,杭锦旗林业局委托内蒙古自治区林业勘察设计院对保护区进行了全面考察,并在此基础上编制了保护区总体规划,同年12月,该规划通过了由内蒙古环保局组织的评审,并正式上报自治区人民政府。2000年,经内蒙古自治区人民政府批准建立“内蒙古白音恩格尔自治区级自然保护区”。2007年被自治区列为“十一五”期间晋升国家级自然保护区的重点保护区。
1、野生植物资源
(1)植物科属组成
植物的种类组成是构成植被的主体,在保护区的植物区系组成中,以种子植物为主。据不完全统计,保护区内有种子植物326种,隶属50科173属,其中,被子植物324种,隶属49科172属,分别占保护区植物科、属、种数的98.0{bf}、99.4{bf}、99.4{bf};裸子植物2种,隶属1科1属,分别占科、属、种数的2.0{bf}、0.6{bf}、0.6{bf}。
(2)植被类型
保护区植物区系处于亚洲荒漠植物区——阿拉善荒漠植物省——东阿拉善荒漠州,是处于草原化荒漠地区。主要的地带性植被为耐干旱的草原和荒漠植被型。根据植被分类系统和各级分类单位的划分标准,将保护区植被划分为1个植被型(荒漠植被),2个植被亚型(灌木荒漠,半灌木、小半灌木荒漠),4个群系组(典型的灌木荒漠,草原化灌木荒漠,盐柴类半灌木、小半灌木荒漠,蒿类荒漠)9个群系(霸王荒漠、白刺荒漠、沙冬青荒漠、绵刺荒漠、四合木荒漠、狭叶锦鸡儿荒漠、珍珠柴荒漠、红砂荒漠、油蒿荒漠)。
(3)保护植物
根据《国家重点保护植物名录》(1984年7月国务院环境保护委员会批准公布)和《国家重点保护野生植物名录(第一批)》(国家林业局、农业部,1999),保护区有国家级珍稀濒危保护植物6种。保护区内特有种、古老残遗种及其它濒危植物共约58种,占保护区植物种的17.8{bf},其中,四合木、半日花、绵刺、沙冬青等植物的珍稀濒危程度尤为突出。保护区有内蒙古自治区保护区植物7种,其中,自治区Ⅱ级保护植物1种,自治区Ⅲ级保护区植物6种。被列入《中国生物多样性保护行动计划》中植物优先保护名录的有:半日花、革苞菊、沙冬青、绵刺、四合木等5种。
(4)经济植物资源
保护区蕴藏着丰富的植物资源,这些植物资源既是可持续利用的基础,为人们提供衣、食、住、行等生存必需品的原料,又是重要的种质资源与遗传基因库。
根据调查,保护区内的植物资源,按其经济用途,可划分为6大类,即药用植物资源、纤维、饲料植物资源、食用植物资源、农药植物资源、观赏植物资源、固沙植物资源。